In 2008-2009 heeft Ecofide samen met collega’s van DHV de waterbodems in de IJssel in kaart gebracht. In opdracht van Rijkswaterstaat Oost-Nederland zijn nautische knelpunten onderzocht, zijn potentiële saneringslocaties bekeken en zijn ook de uiterwaarden meegenomen om zo een integraal beeld te kunnen geven van de waterbodem in het gehele gebied. Met de gedachtenlijn van het toenmalige concept toetsingskader waterbodems in het achterhoofd, zijn argumentatielijnen verder uitontwikkeld en gebruikt bij het opstellen van beheersadviezen.